Dakar 2016 kolmas päivä sisälsi 200km pituisen erikoiskokeen. Tosin matkaan viimeisenä lähteneiltä kuorma-autoilta alkuosuus muutettiin siirtymäksi, koska rankkasateiden heikentämät tiet eivät kestäneet kuorma-autojen painoa.

Bike -luokassa Hondat tulivat myrskyn lailla kärkeen. Ensimmäisenä lähtenyt Toby Price ajoi yllättävän varman päälle ja niinpä hänet ensiksi tavoitti Husqvarnan Ruben Faria ja vähän ajan päästä Honda kolmikko Barrera, Benavides ja Goncalves tavoitti molemmat ja samalla karkuun. Farian päivä meni pieleen, kun hän tankkasi liian vähän bensaa reitin tankkauspisteessä. Rubenin tarkoitus oli tankata 10 litraa, mutta jostain ajatusvirheestä tankkiin meni vain 2 litraa. Maaliin tultiin vauhtia säädellen ja pelkillä bensahöyryillä. Ruben kokonaissijoitus päivän jälkeen oli kahdeksas. Hondan Barrera oli päivän nopein mutta siirtymällä otettu ylinopeussakko pudotti sijoituksen viidenneksi. Niinpä päivän etappivoiton otti Argentiinan 28-vuotias Kevin Benavides. Dakar on miehen ensimmäinen eli aika uskomaton suoritus. Kevin on maanosansa moninkertainen enduro -mestari ja alkoi hakemaan uusia haasteita. Ensimmäinen erämaaralli oli Marokon Ralli tänä vuonna, jossa tuli 4. sija. KTM osakkeita pitävät pystyssä Ranskan Antoine Meo ja Tsekin Peter Svitko. Kannattaa laittaa merkille, että kuudenneksi ajoi Ranskan Andrien van Beveren, joka ajaa vielä Yamahan Junior Rally Teamissä. Hän on myös ensimmäisessä Dakarissa. Tsekin Peter Svitko siirtyi johtoon saaden peräänsä Honda kolmikon Benavides, Barrera, Goncalves. Alain Duclos on Shercollaan hienosti kuudes. Toby Price tippui sijalle yhdeksän, mutta hän ei tuntunut huolestuneelta. Tobyn mukaan Dakar ratkaistaan toisella viikolla, ensimmäinen viikko kannattaa ottaa varman päälle.

Quad -luokassa on kahdeksan ensimmäistä sijaa varattu Yamahoille. Yhdeksäntenä on Quatarin Honda-kuski Mohamed Abu-Issa. Ignacio Casale ja Brian Barawanath ovat pikkuhiljaa erottautumassa omaksi kaksikokseen vaikka väittävät ajavan vielä varman päälle. Kolmatta sijaa pitää edelleen kokonaiskilpailussa Marcelo Medeir. Muutaman minuutin päässä tulevat Alejandro Patronelli ja viime vuoden voittaja Puolan Ralf Sonik. Patronellin veljeksistä Marcos puolestaan huonontaa asemaansa turhaan keräämällä aikasakkoja ajamalla siirtymäosuuksilla ylinopeutta. Marcos on kerännyt jo yhdeksän minuuttia aikasakkoja ilman niitä hän olisi veljeään vähän edellä, nyt sijoitus on 10.

Autopuolella odotettiin miten Sebastian Loebilta sujuu ajaminen ensimmäisenä. Hyvinhän se sujui eli toinen etappivoitto heti perään. Loeb kertoi näiden vuoristopolkujen sopivan hänelle ja odotteli mielenkiinnolla Dakarin aavikko-osuuksia, koska hiekkadyyneistä ei hänellä eikä kartanlukija Daniel Elenalla ole paljoakaan kokemusta. Nasser Al-Ayttiah oli saanut Mininsä pois mudasta ja yritti raivokkaasti ajaa kiinni Loebia. Maalissa tuli tappiota 1.28min. Al-Ayttiah oli sitä mieltä, että Peugeot on parantunut ja paljon viimevuotisesta. Kolmanneksi kiirehti Toyotalla Giniel De Villiers ennen Carlos Sainzia. Joka sai myös yhden minuutin aikasakon siirtymällä. Mikko Hirvonen oli osuuden viides häviten Loebille 2.49min. Maalissa Hirvonen sanoi vieläkin ajaneensa liian varovaisesti. Muutoin matkalla ei ollut mitään ongelmia.

Monet manasivat siirtymillä olleita alhaisia nopeuksia ja tiheässä olleita tutkia. Kokonaiskilpailussa Sebastin Loebilla on reilu 5 minuutin etumatka kolmikkoon, jossa ajavat De Villiers, Peterhansel ja Hirvonen. Heistä on minuutin päässä Nasser Al-Ayttiah ja hänen takanaan tulevat Poulter, Ten Brinke, Vasilyev, Despres ja Sainz.

Kuorma-autoluokan reittiä jouduttiin lyhentämään, kun tie itseasiassa vajosi alta pois kuorma-autojen alla. Kuorma-autojen reitti oli kokonaispituudeltaan 130km, joista ensimmäiset 50 kilometriä ajettiin trooppinen rankkasateen alla. Gerard De Rooy kertoi päivän olleen selvä rengasvalinta kysymys, niillä, jotka olivat ottaneet karkeammat renkaat kuten esim. Villiars saivat huomattavan edun. Sitä oli mahdotonta ajaa enää kiinni loppuosuuden kuivilla pätkillä. Etappivoiton otti Tsekin Martin Kolomy Tatralla, Hans Stacey hävisi hänelle ainoastaan 17 sekuntia ja kolmanneksi kiiruhti Federico Villagra Ivecolla. Kokonaistuloksissa MAN -kaksikko Stacey/Versluis johtaa, kolmantena tulee Villagra ennen Mardeevia ja De Rooyta. Kuorma-autot eivät ole vielä päässeet yhtään täyttä osuutta, joten erotkin ovat pieniä.

Tänään on vuorossa ns. Marathon -päivä eli korjauksiin saavat osallistua vain kuljettaja ja/tai apukuljettaja. Monien huolto on jo kovaa vauhtia menossa kohti Boliviaa. Tämän päivän etappi on Jujuyn ympärillä ajettava lenkki, jonka ek:lla on mittaa 429km, kuorma-autoilla etapin pituus on 419km. Reitti on kivikkoista vuoristopolkua Andien reunoilla ja nousee parhaimmillaan 3.500 metrin korkeuteen.